Mokykla Rudnioje įsteigta 1925 m.
Iki 1945 mmetų tai buvo Rudnios pradinė mokykla,kuri 1946 metais reorganizuojama į Rudnios progimnaziją.Vėliau ji vadinama Rudnios septynmete mokykla.
1952 metų rudenį Rudnios septynmetė mokykla reorganizuojama į vidurinę mokyklą. Ji gyvavo iki 1974 metų.
1973 metais vidurinė mokykla reorganizuojama į aštuonmetę mokyklą.
1981 metais aštuonmetė mokykla reorganizuojama į Rudnios pagalbinę mokyklą,kuri vadinama specialiąja.
2013 m. Varėnos r. Rudnios specialioji mokykla persikėlė į Varėną.
2014 m. pakeistas mokyklos pavadinimas į Varėnos specialiąją mokyklą.